Untuk memperoleh tenaga berkualifikasi magister yang memiliki keahlian dalam bidang pendidikan matematika dengan kemampuan untuk menjadi pendidik, peneliti dan pengembang atau tenaga ahli di bidang pendidikan matematika, maka didirikanlah Program Studi Magister Pendidikan Matematika di FKIP UNS sejak tahun kuliah 2001/2002.

Secara khusus, Program Studi Magister Pendidikan Matematika bertujuan untuk menghasilkan: 1) Lulusan yang memiliki kemampuan dalam merencanakan, melaksanakan, mengembangkan pendidikan matematika, 2) Penelitian yang inovatif dalam bidang pendidikan matematika, 3) Karya-karya pengabdian kepada masyarakat dalam meningkatkan kualitas pendidikan matematika, dan 4) Kerjasama dengan berbagai lembaga pendidikan dan non pendidikan, baik di dalam maupun luar negeri.

Untuk mendukung tujuan tersebut, Program Studi Magister Pendidikan Matematika FKIP UNS menerima calon mahasiswa dengan latar belakang S1 Pendidikan Matematika, S1 Matematika, S1 Statistika, atau S1 Ilmu Komputer.

Untuk mewujudkan visi di atas, misi Program Studi Magister Pendidikan Matematika akan senantiasa:

1. Menyelenggarakan pendidikan dan bimbingan yang efektif dan efisien dalam rangka menghasilkan lulusan yang profesional di tingkat nasional dan internasional,
2. Menyelenggarakan penelitian pendidikan matematika dalam upaya memberikan konstribusi dalam pemecahan masalah yang terkait dengan pendidikan matematika, dan
3. Menyelenggarakan kegiatan kemitraan dan pengabdian kepada masyarakat dalam bidang pendidikan matematika yang bermanfaat bagi masyarakat