Program studi D-3 Farmasi  FMIPA UNS telah menjalin kerja sama dengan berbagai Instansi Pemerintah maupun swasta meliputi Rumah Sakit, Apotik, Industri, Dinas Kesehatan, Lembaga Penelitian, Badan LitBang Kesehatan B2P2TOOT, Pusat Sains dan Teknologi Akselerator BATAN, Perguruan Tinggi maupun Lembaga Pemerintah lainnya. Kerjasama yang dilakukan meliputi Kuliah Magang Mahasiswa (KMM) untuk menyelaraskan kemampuan akademik mahasiswa dengan aplikasi di lapangan, kolaborasi riset, kuliah kepakaran, dan tugas belajar. Kerjasama Luar Negeri yaitu dengan Curtin University of Technology, Leiden University Netherland dan Gifu University Japan, Cheng Shiu University Taiwan.