Program Studi Magister Pendidikan Matematika FKIP UNS telah melakukan berbagai kerjasama baik dengan instansi di dalam negeri maupun di luar negeri. Beberapa di antaranya adalah: (1)  kerjasama dalam penerimaan peserta didik baru (PPDB) dengan SMAN 2 Madiun, SMAN 3 Madiun, SMAN 2 Ngawi, SMAN 1 Tuban, SMAN 2 Tuban, SMAN 1 Wonogiri, SMAN 2 Wonogiri, SMAN 1 Sragen, dan SMPN 2 Wonogiri, (2) kerjasama fasilitator RSBI dengan SMAN 3 Madiun, SMAN 2 Wonogiri, SMAN 1 Purwodadi, SMPN 1 Sragen, SMPN 1 Delanggu, SMPN 3 Sukoharjo, (3) kerjasama pembinaan olimpiade dengan SMAN 3 Surakarta dan SBBS Gemolong, (4) kerjasama dengan PASIAD Turki dalam bidang pembinaan olimpiade matematia SMP dan SMA, (5) kerjasama dengan Universitas Dili Timor Leste dalam pengiriman mahasiswa tugas belajar.