Program Studi Magister Ilmu Peternakan berada di Fakultas Pertanian yang memiliki fasilitas prasarana dengan luas ruang 11.957m2 yang dipergunakan untuk ruang kantor, perkuliahan, perpustakaan, ruang dosen dan ruang laboratorium serta 4 unit rumah kaca. Terkait dengan ruang perkualihan, Program Stdi Magister Ilmu Peternakan memiliki 29 ruang kelas dengan luasan total 1.493 m2. Semua ruang perkuliahan yang digunakan dilengkapi dengan papan tulis, LCD, wifi dan perlengkapan lainnya serta kursi perkuliahan yang jumlahnya disesuaikan dengan kapasitas ruang.

Ruang Dosen menyatu dengan ruang laboratorium. Dosen-dosen di Program Studi/Prodi menempati ruang-ruang yang ditempati 4 orang dosen. Masing-masing ruangan dosen disediakan setidaknya satu set komputer yang dihubungkan dengan printer, rak dokumen, dan internet. Masing-masing ruangan dosen disediakan meja dan kursi untuk bimbingan dengan mahasiswa dimana setiap ruangan tersedia fasilitas yang dapat dihubungkan dengan komputer/laptop, printer, rak dokumen, dan Wifi Area.

Ruang perpustakaan yang dimiliki terdiri dari perpustakaan pusat Universitas, Perpustakaan Fakultas, dan Perpustakaan Program Studi. Perpustakaaan tersebut memiliki berbagai koleksi buku-buku, jurnal, serta peralatan yang sangat memadai baik dari kualitas dan sarananya. Setiap sudut ruang terdapat AC dan hotspot area yang berfungsi dengan baik dan dilakukkan perawatan secara berkala dan teratur. Suhu udara dan kebersihan ruang di dalam perpustakaan dapat diatur sesuai dengan kebutuhan kenyamanan dan dibersihkan secara teratur. Untuk instensitas pencahayaan sangat baik dan nyaman serta tingkat kebisingan sangatlah terjaga. Hal ini ditunjang dengan sumber daya manusia yang berada diperpustakaan yang baik dan tegas terhadap pengunjung perpustakaan. Dosen dan mahasiswa juga dimungkinkan untuk memanfaatkan buku dari Perpustakaan Pusat ataupun dari Perpustakaan pada 9 Fakultas lainnya.

Juga adanya  pemanfaatan alat laboratorium dengan prinsip pemanfaatan bersama (resource sharing) dibawah koordinasi dan pengaturan laboratorium yang bersangkutan. Pemakaian sarana dan prasarana yang bersifat umum telah disepakati bersama antar program studi/pengguna dan penggunaannya diatur di tingkat Fakultas. Selain ruang laboratorium untuk keperluan praktikum dan penelitian tersedia Jatikuwung Experimental Farm dengan fasilitas 2 Kandang sapi, 2 kandang kambing dan domba, 4 kandang unggas, instalasi pengolahan pupuk serta aula pertemuan, 3 unit rumah kaca dengan luas 1097 m2 ditambah rumah kaca Jumantono 48 m2, lahan kering di Jumantono (22.051 m2), lahan kering di Jatikuwung (6085,5 m2), dan lahan basah di Palur (5.576 m2). Bangunan lain adalah 5 unit screen house seluas 500 m2 (420 m yg dipulau 3) dan kebun koleksi tanaman seluas 200 m2, rumah tanah seluas 50 m2, rumah pembuatan kompos seluas 50 m2, dan Lab. Rekayasa seluas 118 m2.