Program Doktor Ilmu Lingkungan UNS berdiri berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti Mendikbud RI No. 2360/D/T/2008 Tanggal 25 Juli 2008. Program Studi S3 Ilmu Lingkungan Pascasarjana Universitas Sebelas Maret mempunyai kebijakan kedepan/ keunggulan jika lulus mendapatkan SKPI (Surat Keterangan Pendamping Ijazah) berupa Sertifikat Kompetensi Bidang Pengelola Lingkungan Hidup dari LSP-LHI (Lembaga Sertifikasi Profesi), sehingga lulusan Program Studi S3 Ilmu Lingkungan Pascasarjana UNS kompetitif menjadi seorang profesional lingkungan.