Prodi S2 Peternakan UNS telah menjalin kerjasama dengan berbagai Universitas di luar negeri, seperti Belanda, German, Korea Selatan, Taiwan, Australia, Denmark, dan Thailand. Adanya kerjasama ini diharapkan dapat membuka kesempatan lulusan Prodi S2 Peternakan UNS untuk melanjutkan Studi ke jenjang yang paling tinggi (S3 atau doktor) maupun bekerja sebagai peneliti maupun professional di dunia Internasional.

Selain itu juga bekerjasama dengan beberapa intitusi baik swasta dan negeri seperti BIB Singosari, Loka Penelitian Sapi Potong Pasuruan, Sekretariat Badan  Koordinasi Penyuluhan Propinsi Jawa Tengah, Perusahaan Peternakan Kambing Burja, Charoen Pokphand Indonesia,   CV. Tri Jaya Lestari, PT. Peternakan Ayam Nusantara, Peternakan Sapi Potong dan Perah Boyolali, BPOM Solo, Dinas Terkait di wilayah Jawa Tengah, RPH, RPB dan RPA di wilayah Surakarta dan lain-lain.