Prodi Peternakan FP Universitas Sebelas Maret dalam pelaksanaan pembelajarannya menjalin kerja sama dengan instansi pemerintah dan swasta yang bergerak dalam bidang peternakan, termasuk pihak perbankan. Institusi yang sudah menjalin kerja sama dengan Prodi Peternakan FP Universitas Sebelas Maret meliputi kementerian, pemda, dinas terkait, institus penelitian, industri pakan dan pembibitan ternak, perbankan, pengolahan hasil ternak, dan pengembangan ternak dalam rangka kedaulatan pangan. Selain itu, beberapa kerjasama dengan institusi pendidikan dalam dan luar negeri telah dibangun untuk meningkatkan kompetensi pendidikan Sarjana Peternakan yang dihasilkan.