Riset dan inovasi terus dilakukan oleh baik dosen maupun mahasiswa di PS S3 P. IPA melalui berbagai kegiatan riset di bawah payung penelitian hibah maupun penelitian bersama universitas di luar negeri. Sebagai pengajar, dosen-dosen di PS S3 P. IPA telah melaksanakan tri dharma perguruan tinggi yang juga mengharuskan dosen untuk melakukan pengabdian pada masyarakat dengan membuat inovasi-inovasi barang dan jasa terutama di bidang pendidikan IPA seperti instrumen penilaian, modul, bahan ajar, dan lain sebagainya. Universitas luar negeri yang pernah bekerja sama dengan PS S3 P. IPA dalam penelitian antara lain :

  1. Kyoto University
  2. Indian Institute of Science
  3. Departement of Oceanography, College of Ocean Sciences, Jeju National University Ara-dong, Jeju Korea
  4. Canan Suez University
  5. Universiti Kebangsaan Malaysia
  6. University of Washington, USA
  7. Fatih University, Istanbul, Turkey
  8. Institute of Didactic of Chemistry, Wuppertal University, Germany
  9. Universiti Sains Malaysia
  10. The Australian Council for Educational Research Ltd
  11. University of Canberra, Australia
  12. Antalya International University, Turkey
  13. Guangxi University for Nationalities of P.R.China

Serta kerjasama lain dengan :

  1. Pasiad Turki, Pembinaan Olimpiade.
  2. Universitas Dili Timor Leste, Mahasiswa Tugas Belajar
  3. DBE-2 USAID USA, Pendampingan Active Learning
  4. Kyoto University Jepang, Kerjasama Penelitian
  5. Indian Institute of Science India, Kerjasama Penelitian
  6. Canal Suez Univeristy Mesir, Kerjasama Penelitian dan pengembangan Sumber Daya Manusia
  7. Jeju National University Korea, Kerjasama Penerbitan Jurnal Ilmiah Internasional Bersama
  8. SMAN 3 Madiun, SMAN 2 Madiun, SMAN 2 Ngawi, SMAN 1 Tuban, SMAN 2 Tuban, SMAN 1 Wonogiri, SMAN 2 Wonogiri, kerjasama Penerimaan Peserta Didik Baru (PPDB)
  9. SBBS Sragen, Kerjasama pembinaan Olimpiade
  10. SMAN 3 Surakarta, Kerjasama pembinaan Olimpiade