Program studi pendidikan sains UNS telah banyak menjalin kerjasama dengan berbagai pihak dari dalam dan luar negeri antara lain:

  1. Pasiad Turki, Pembinaan Olimpiade.
  2. Universitas Dili Timor Leste, Mahasiswa Tugas Belajar
  3. DBE-2 USAID USA, Pendampingan Active Learning
  4. Kyoto University Jepang, Kerjasama Penelitian
  5. Indian Institute of Science India, Kerjasama Penelitian
  6. Canal Suez Univeristy Mesir, Kerjasama Penelitian dan pengembangan Sumber Daya Manusia
  7. Jeju National University Korea, Kerjasama Penerbitan Jurnal Ilmiah Internasional Bersama.
  8. SMAN 3 Madiun, SMAN 2 Madiun, SMAN  2 Ngawi, SMAN 1 Tuban, SMAN 2 Tuban, SMAN 1 Wonogiri, SMAN 2 Wonogiri, kerjasama Penerimaan Peserta Didik Baru (PPDB)
  9. SBBS Sragen, Kerjasama pembinaan Olimpiade
  10. SMAN 3 Surakarta, Kerjasama pembinaan Olimpiade.