Secara umum dalam setiap kerjasama yang dilaksanakan, program studi Pendidikan Biologi FKIP UNS lebih berperan sebagai pelaksana melalui perannya sebagai penyedia sumber daya manusia. Hal tersebut disebabkan karena kerjasama dengan menggunakan payung MOU hanya terjadi antara pihak tertentu dengan institusi di tingkat universitas atau fakultas. Namun demikian, upaya penjaringan peluang kerjasama tetap dilaksanakan oleh program studi untuk menindak lanjuti MOU dengan MOA dan bahkan memungkinkan untuk sampai pada ranah mengusulkan kerjasama tertentu kepada fakultas data universitas. Merujuk pada sasaran mutu yang ditetapkan bersama pada tingkat jurusan, jumlah kerjasama minimal yang harus dilaksanakan oleh program studi sudah memenuhi target sasaran yang ditetapkan. Beberapa peran program studi dalam kerjasama misanya pada beberapa event misalnya:

1.       Training olimpiade tingkat nasional, bekerjasama dengan Departemen Pendidikan Nasional

2.       PLPG (pendidikan Pelatihan Profesi Guru) bekerjasama dengan Departemen Pendidikan Nasional

3.       Pendampingan Interrnational Scientific Project Olimpiad, bekerjasama dengan penyelenggara di Denhaag dan Sragen Bilingual Boarding School

4.       Kerjasama dengan University of Washington untuk training dosen

5.       Kerjasama dengan University of Illinois

6.       Kerjasama dengan University Utara Malaysia